電氣控制系統是溫室噴灌機的控制指揮中樞，主要由時間控制器、變頻器、接觸器、開關和傳感器等組成。 其主要控制功能包括以下幾個方面。

　　1控制模式選擇：可根據需要，選擇手動/自動/外接接算計控制三種模式工作。自動狀態可以根據澆灌要求設定多種工作程序，例如開停機時間，噴水方式選擇，噴水間隔和休息時間，工作次數，等等;手動狀態可調節運行方向和速度，開停左右噴桿噴水;外接計算機控制狀態可以設定轉入外部控制狀態，接受外部信號控制。

　　2運行轉換：噴灌機運行時，光電開關檢測主機運行位置，控制噴灌機前進、后退的轉換。

　　3開停約定：停機停水-除非人工手動，任何情況下機器停止運行的同時停止噴水。開機開水-除非人工手動，任何情況下機器啟動運行的同時開始噴水。

　　4 最大速度：機器在最大速度運行狀態下不噴水，亦不接受開關左右噴桿的電磁閥控制信號。

　　5 強制停機：設置強制停機按鈕，用于緊急情況停機。

　　6供水泵開關控制：輸出控制信號，根據開停噴水信息發出啟停供水泵信號。

　　7循環噴水時間間隔(或稱休息時間)設置：最多24 h，分辨率為1 min。

　　8斷電保護：原地停機并記憶位置。40 h內重新給電，機器退回起始位置，并按照停電前工作方式重新啟動，執行噴灌作業。停電40 h以上則由人工手動恢復機器工作。